Просто вода не даст ничего - она испаряется. Пруд же тёмный, температура на мелководье очень высокая может быть и очень быстро. Надо растения посадить. Можно прямо в горшках расставить и между положить камни. И полностью заполнить водой.
Вы прямо до верху заполняете и за 3 дня испаряется? Значит, жарко. Либо трещина, хотя это маловероятно.
Тени от кустов вдали не хватит.
Самое главное - высшие растения чистят воду от азота эффективно.
Представьте, сколько отходов рыбьей жизнедеятельности там на дне. Это всё должно быть переработано бактериями, поедающими азот. Бактерии требуют кислород.
В каждом водоёме - свой азотный цикл. Правильно установлен - вода чистая и рыба счастливая. Неправильно - замор и болезни.
"серенькие рыбки" это тоже кои? Вообще цвет они получают уже довольно рано. Так что может это просто карпы? По фото трудно сориентироваться в размерах. В любом случае - рыба вырастает до 35-40см. На ваш пруд таких четыре - за глаза. При этом им будет хватать всего - и еды, и кислорода, и пруд будет иметь возможность самоочищаться без хлопот извне.
Надо только один раз всё наладить.