Там и не понял, почему торможение с выжатым сцеплением или на включенной передаче ощутимо увеличивает дрожь. Если тормозить на нейтрали, то дрожь куда меньше.

Попробую.
Сначала уточняющие вопрос: при выжатом сцеплении передача включена?
При торможении на нейтрали сцепление отпущено?

Когда сцепление выжато и передача включена - дрожь максимальная. Когда на нейтрали сцепление отпущено - дрожь минимальная. В любом случае постепенно пропадает, если торможение идёт на скоростях до 50 км/ч и после 100 км/ч.

Тогда следующая теория:

- допустим, что тормозной диск кривой и вызывает вибрацию при торможении

- это в основном Torsionsschwingung, то есть вокруг оси крутящихся деталей и передаётся по полуоси/полуосям в коробку, а оттуда в салон

- здесь теперь посмотрим на контакты между деталями, жёстко соединённых с собой

- когда коробка на нейтрали, то часть её не имеет жёсткого соединения с первичным валом => меньше вибраций передаётся дальше. И наоборот, при включённой передаче ты вибрацию сильнее ощущаешь. И сила и частота вибраций должна меняться, в зависимости от того, какая передача включена. И от скорости, на которой ты тормозишь. Эти два эффекта без точных измерений частоты иногда не разделить.

Теперь к сцеплению: при выжатом сцеплении ты создаёшь жёсткую связь между твоей ногой и мотором. При этом ты начинаешь ощущать вибрации. Можешь на стоящей машине на холостом ходу попробовать. Если почувствуешь разницу в вибрациях при выжатом/отпущенном сцеплении, то тогда это вряд-ли с тормозами связано.