Принципиально - сложностью. В микроконтроллерах значительно проще архитектура. Функционально - назначением. В микроконтроллерах обычно заточка на конкретные задачи, а ЦПУ обычно - общего назначения. Архитектура общего назначения хуже справляется с обработкой информации, чем специально заточенная на конкретную обработку архитектура.

Под бортовым компьютером в машине обычно понимают что-то сложное с ЦПУ. А микроконтроллеры обрабатывают данные с датчиков разных (эйрбэги там, ABS), которые могут потом сбросить ЦПУ уже в обработанном виде - т.е. уже распознанные и интерпретированные в нужные данные сигналы с датчиков (хотя многие системы работают и изолированно - без участия ЦПУ, типа срабатывания эйрбегов... ну по крайней мере должны). У ЦПУ обычно просто нет прямого интерфейса с датчиками - только через промежуточный слой тех же микроконтроллеров. Прямой интерфейс просто заставил бы ЦПУ молотить постоянно, будучи занятым обработкой специфической информации методами общего назначения, что неэффективно. Более того, повреждение такого единственного центра обработки информации привело бы к отключению всех систем в автомобиле. Т.е., например, эйрбеги бы не сработали, даже если есть питание. Повесив работу разных систем на отдельные контроллеры мы изолируем и резервируем работу этих систем. Это всё приблизительное объяснение.

Мощный "большой ЦПУ" современным машинам нужен лишь для мощного мультимедиа. Вон, на Тесле в видеоигры играют.