Раз машина стояла, то значит точно не откуда то снизу воду задувает. Либо все же резинку менять надо ибо она может пропускать, даже если на вид - целая и нормальная, либо, как выше уже сказали, через задние фонари подтекает, там тоже уплотнители быть должны. Ну, или как я выше уже писал, нужно отрегулировать крепления крышки багажника. Если до этого её когда то снимали, то могли не совсем "ровно" назад установить.

П.С. Вам еще повезло можно сказать. У меня на днях тоже беда с протечкой случилась, но у меня вода пошла в салон и в систему воздуховодов, печку, салонный фильтр. Забились дренажные отверстия в районе лобового под капотом и за несколько дней дождей, натекло в салон столько воды, что в подпольных бардачках вода стояла как в колодце и плескалась при езде Сливы прочистил и модернизировал, теперь долго не потечет, но просушить салон пытаюсь уже третий день, благо погода помогает, но все еще сырости дофига. В будущем может конечно очень плохо сказаться, так как в салоне под покрытием проложена проводка, штекеры и контакты, которые со временем начнут окисляться и плохо работать. А просушить салон качественно без полного демонтажа напольного покрытия (а это ой как непросто) - нереально. Так что и плесень может завестись со временем итп.