Все правильно Вам написали.

Дела на спецпоселенцев заводились в 1949 году, составлялась анкета с указанием членов семьи. Может быть на Вашего дедушку отдельного дела и не было, поскольку к тому времени он еще не был совершеннолетним, а может и было. Прадедушка в 1942 году был отправлен в Казахстан. Вполне возможно, что дело было составлено на одну прабабушку, а в нем фигурировали остальные члены семьи. Но Вы в любом случае зайдите на сайт ГУ МВД по Омской области и напишите обращение в ИЦ ГУ МВД по Омской области, чтобы они провели архивный поиск в документах дел бывших спецпоселенцев, высланных по национальному признаку в Омскую область. И укажите все фамилии - прабабушки, причем напишите подробно все варианты фамилий, под которыми она могла значиться, прадедушки и остальных членов семьи. Они напишут на кого у них имеются дела. От этой информации оттолкнетесь. И совершенно справедливо Вам было замечено, что архивные справки носят заявительный характер. То есть справка о реабилитации составляется на основе административного регламента, а в архивной справке напишут то, что Вы попросите. Обратите на это внимание. Это может пригодиться для дальнейших действий. Получив сведения о прабабушке, Вы сопоставите их с уже имеющимися актовыми записями, и возможно уже по этим документам будет косвенно видно, что это Ваша прабабушка. Может и реабилитируют прабабушку без суда об установлении юридического факта, чтобы время не терять.