То есть прочерк в Казахстане оставлять нельзя?

как выяснилось совсем недавно - можно. Но это на самом деле сюрпризом было даже для работников миграционной полиции которые занимаются паспортированием.

****Национальная принадлежность в паспорте и удостоверении личности указывается по желанию владельца документа (подпункт 4) пункта 3 Правил оформления, выдачи, замены, сдачи, изъятия и уничтожения паспорта гражданина Республики Казахстан, удостоверения личности гражданина Республики Казахстан, вида на жительство иностранца в Республике Казахстан, удостоверения лица без гражданства и удостоверения беженца).Национальность гражданами Республики Казахстан может быть изменена в соответствии с законом РК***

Фразу "по желанию" относили к самому выбору национальности, а не к слову "указывается или не указывается"

соответствии со статьей 65 Кодекса Республики Казахстан о браке (супружестве) и семье национальность ребенка определяется национальностью его родителей. Если национальность родителей различна, она определяется по желанию ребенка национальностью отца или матери при выдаче ему удостоверения личности или паспорта.

С трудом выяснили что к чему