Немкой была моя Прабабушка (у меня есть все документы на нее, что она была репрессирована, выслана в Казахстан, была в трудовой армии), замуж она вышла за русского. Моему деду (их сыну) в св-ве о рождении записали, что он русский,

В СОР ребенка нет его национальности

Ваш дед взял ненемецкую национальность сам.

так как в то время во первых боялись где-то упомянуть, что ты немец, а во вторых отец был русский. Соответственно у моей мамы тоже в документах записано, что она русская. В живых уже нет никого, ни деда, ни моих родителей. Т.е. поменять национальность уже умершим людям я не знаю, можно или нельзя?

Кое где можно.

Но это ничего не изменит.

Так как важна ситуация на момент ВАШЕГО рождения.

А ее изменить вы не можете.

В Германии живет моя двоюродная сестра и тётя, но они переезжали по другой совсем линии прямо из Казахстана.

У меня есть научная степень кандидата наук, 10 лет работаю в университете. Ну и конечно же семья, муж и трое маленьких детей.
Немецкий более/менее знаю, но для B1 думаю еще нужно позаниматься с репетитором.
Подскажите пожалуйста, реально ли с такими исходными данными претендовать на получение антрага или шансов ноль? Буду очень всем благодарна за ответы и советы!

Вы не указали даты рождения ваших предков. Не ясно, сколько лет было прабабушке на начало войны.

Первичные ли у вас СОРы или есть повторные. Кем работали предки и родители и т.д.

А так, в общем - вести происхождение от прабабушки можно без проблем.

Нет ограничения из-за "двух поколений ненемцев"