Получается нахождение на спец.поселении и сост. на спец учете - это еще его декларация ведь ?

К сожалению, справка на прадеда никаким образом не свидетельствует о том, что он декларировал себя немцем и, что репрессии были следствием его немецкой декларации. Нет ни указания на немецкую национальность, ни основания для применения репрессии, ни основания для снятия ограничений, только дата снятия ограничений (17 декабря 1955 г) может косвенно и то с натяжкой свидетельствовать о том, что он был снят с учета после Указа ПВС от 13.12.1955.

Что касаемо прабабушки, то хоть она и не была репатриированной, но ее справка (к счастью для Вас) указывает на репрессии по нац. признаку, как раз таки благодаря по ошибке упомянутой в справке Директиве НКВД, хотя она и не имела никакого отношения к действительной причине взятия прабабушки на спецучет, просто, такая была форма справки, надо было указать какую-нибудь директиву (так в форме справки), вот и подыскали среди заранее напечатанных справок наиболее подходящую для немцев не из числа выселенных по Указу ПВС от 28.08.1941. Такими оказались справки на репатриированных немцев.

Скорее всего, Ваша прабабушка была взята на спечучет, как социально опасный элемент из числа лиц немецкой национальности, т.к. у нее в анамнезе было дезертирство из ТА (РККА), да еще и осуждение, что не является типичным для репрессированных по нац. признаку немцев, но в справках (предварительно напечатанных) не было для этого специальной формы, вот и приписали в качестве основания взятия на спецучет Директиву о репатриированных.

Запросят ли у меня что она делала до 1946 года ? и где это нужно искать?

Вряд ли. Но если очень хочется, то можно сделать запрос в Прокуратуру Самарской области (по месту пребывания в ТА), в Центральный Архив Миобороны, в Главную Военную Прокуратуру, в ГИАЦ МВД. Где-нибудь да подскажут, где искать сведения об осуждении военным трибуналом войск НКВД Омской области (как указано в архивной справке).

Вот документ, на основании которого прабабушка была амнистирована в 1945 году:

Об амнистии в связи с победой над гитлеровской Германией
Президиум Верховного Совета СССР постановляет:
1. Освободить от наказания:
а) осужденных к лишению свободы на срок не свыше трех лет и к более мягким мерам наказания;
б) осужденных за самовольный уход с предприятий военной промышленности и других предприятий, на которые распространено действие Указа Президиума Верховного Совета СССР от 26 декабря 1941 г.
УКАЗ Об амнистии в связи с победой над гитлеровской Герман...