Я могу вести происхождение от неё?

Можете, т.к. бабушка гражданка Германии.

Как мне грамотно составить ответ, объясняющий отсутствие репрессий?

Я бы написала, что про репрессии знаете со слов бабушки, но документальное подтверждение найти не удалось.

Как бы бабушка себя не декларировала, но фильтрационный лагерь она должна была пройти при возвращении из Германии (и хорошо бы поискать ее фильтрационное дело в архивах Украины), тем более, что когда она вернулась, национальность она еще не выбирала (ее не было до переселения в Германию, а значит не было и по возвращении, даже если бабушке было уже более 16 лет к тому времени). Даже если она скрыла гражданство, то, по-хорошему, ее все равно должны были выселить вместе с матерью-немкой и поставить на спецучет, как репатриированную немку старше 10 лет. Может быть, бабушка одна вернулась в СССР, без мамы? Это бы объяснило, почему ей удалось скрыть свое немецкое происхождение и избежать репрессий: национальности не было, предка-немца тоже, гражданство скрыла.

Стоит ли мне прямо писать, что она скрывала своё происхождение, поскольку этот факт нёс опасность и мог препятствовать её преподавательской деятельности?

Я бы этого делать не стала.

Первая запись в её трудовой начинается в 1948 году, параллельно она училась в Харьковском Университете на ФилФаке (немецкая филология), а в середине 1950-х там же и преподавала, и еще в школе немецкий язык.

Вы об этом написали в BVA?

Очень зря. Если еще не написали, то и не пишите.

Мне Ваша история чем-то напомнила вот эту:

Начало:

https://foren.germany.ru/showmessage.pl?Number=35350240&Board=aussiedler

Продолжение:

https://foren.germany.ru/aussiedler/f/35797270.html?Cat=&page=16.2&view=&sb=&part=1&vc=1

Если напишете, что бабушка скрывала национальность, то Вам запросто могут ответить: "Да, бабушка Ваша установила гражданство Германии в 2000-м году, но она скрывала свою немецкую национальность (гражданство) и происхождение во время жизни в СССР, а потому не разделила судьбу немецкого народа. Об этом также свидетельствует то, что она в 1948 году проживала в Харькове и училась в университете, в то время, как другие немцы находились на спецпоселении в отдаленных районах СССР. Таким образом, происхождение Вы можете вести только от прабабушки". И вот тут может быть уже два варианта:

1. Бабушку не посчитают НЕнемкой, т.к. у нее гражданство, и запросят у Вас справки о репрессиях на ее мать, а после того, как Вы их предоставите, выпишут АВ;

2. Бабушку посчитают НЕнемкой и дадут отказ по 2-м поколениям.

Мое мнение: полностью приписать бабушке то, что она не разделила судьбу немецкого народа вряд ли смогут, т.к. ее все же репатриировали из Германии, но надо найти фильтрационное дело, а то еще посчитают, что она добровольно вернулась.

На всякий случай ищите дело бабушки и прабабушки из фильтрационного лагеря, а также документы о репрессиях в отношении прабабушки если она вернулась в СССР.