У всех возможно по разному, конкретно мой дед был репрессирован из Крыма и прямо в Воркуту. Так вот в Воркуту я звонил, они сказали, что у них хранится только учетная карточка ну и зачитали мне с нее кое что, а вот дело в Крыму и реабилитировать его (деда) надо там.

В этом и состоит принципиальная разница между Вашим дедом и отцом бабушки ТС. Важно, на территории какой страны (ныне) была применена репрессия, там и надо запрашивать реабилитацию. В Вашем случае репрессия была применена на территории УССР (и Вам "повезло", что ныне ее признают территорией РФ, иначе бы послали за справкой о реабилитации в Украину с архивной справкой из Крыма, т.к. только в ней написано про применение репрессий, решение о которых было принято еще в УССР). Поэтому решение о реабилитации было принято в РФ, НО по месту нахождения архивного дела, которое совпадает с территорией РФ, т.к в РФ нет единого архива, только территориальные и они занимаются реабилитацией по месту нахождения архивного дела. А могли и реабилитировать по месту жительства репрессированного в РФ если репрессированный сам делал запрос о реабилитации.

Но если архивное дело находится на территории другой страны, то это не значит, что РФ не примет решение о реабилитации если репрессия была на ее современной территории:

Читаем Закон РФ от 18.10.1991 N 1761-1 (ред. от 07.03.2018) "О реабилитации жертв политических репрессий"

Статья 6. Заявления о реабилитации могут быть поданы самими репрессированными, а равно любыми лицами или общественными организациями. Заявления подаются по месту нахождения органа или должностного лица, принявшего решение о применении репрессий.

Статья 7. Органы внутренних дел по заявлениям заинтересованных лиц или общественных организаций устанавливают факт применения ссылки, высылки, направления на спецпоселение, привлечения к принудительному труду в условиях ограничения свободы и иных ограничений прав и свобод, установленных в административном порядке, и составляют заключение и выдают справку о реабилитации или сообщают об отказе в выдаче такой справки.
http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_1619/9876ee8551edda745ca366c4d598ab04e1ae3986/

Таким образом, если установлен факт применения репрессии, на территории современной РФ, а в случае ТС этот факт установлен архивной справкой из ЛНР о применении репрессий (взятии на спецучет по нац. признаку) на территории современной РФ (Коми АССР) то в Республике Коми и должны выдать и справку о реабилитации.

По поводу реабилитации не по месту проведения репрессии очень сильно сомневаюсь. Дело в Луганске и реабилитация проводится по нему.

В РФ нет закона о реабилитации по месту хранения дела, но есть закон о реабилитации по месту применения репрессий, а это как раз случай ТС,