Архив области, в которой её снимали со спецпоселения утверждает, что "в архиве находятся дела спецпоселенцев по категории "немцы". Все они были сформированы в 1948-49 годах. Поскольку ваша бабушка освобождена со спецпоселения раньше, можно предположить, что личное дело на неё заведено не было и в архив не сдавалось"

В этом случае можно предположить, что бабушка находилась на спецпоселении не как лицо немецкой национальности, а, например, как "раскулаченное лицо". Тогда нет никакого смысла прикладывать такую справку. Откуда известно, что она была снята со спецучета в 1946-м году и вообще состояла на спецучете? Есть справка о ее взяти/снятии со спецучета?

Сколько бабушке было лет на июнь 1941-го?

Если ей было меньше 16-ти лет, то все эти справки никакого значения иметь не будут, происхождение Вы, в любом случае, будет вести от ее репрессированных по нац. признаку родителей. Если же бабушке было более 16 лет в это время, то могут и написать, что т.к. бабушка не подвергалась репрессиям по нац. признаку, то на этом ее страдания прекратились, а значит, что BVFG не про нее и ее потомков. Но это маловероятно. Такое писали, как правило тем, чьи предки не пострадали потому, что декларировали себя НЕнемецами на июнь 1941-го.