Свидетельство об установлении отцовства не есть 100% гарантия моего происхождения от отца, может понадобиться тест ДНК?

Обычно, хватает и св-ва об установлении отцовства, тем более, что это произошло еще в 1993 году, а не перед подачей антрага. Но если сомнения останутся, то тест ДНК сможет их развеять.

Каким еще способом можно доказать происхождение бабушки от прабабушки кроме СОР и справок с указанием всех изменений, что вносились в актовую запись?

Только тестом ДНК, но, опять же, обычно, хватает и справок с указанием всех изменений и данных из первичной актовой записи. Хорошо, что СОР бабушки, хоть и повторное, но получено не вчера, а еще в 1972 году, хотя это не значит, что не возникнет сомнений в происхождении бабушки от прабабушки.

Во всех документах СОР, СОБ национальность немка, справка о реабилитации пострадавшей от массовых полит. репрессий я так понимаю это все и есть декларирования себя немкой?

Да. Но в случае с Вашей бабушкой справка о реабилитации не доказывает ее принадлежность к немецкой национальности, т.к. во время репрессий бабушка была несовершеннолетней и лично от них не пострадала, а только в составе семьи. Бабушке не было 16 лет, значит и национальность она еще в этот период не выбирала и никак себя не декларировала.