подскажите пожалуйста, можно ли подавать исковое заявление о смене национальности сразу на своих детей, не затрагивая свой СОР где родители "русские"?

Можно. Такие случаи не редкость и на форуме можно найти в архиве даже копии положительных решений. Национальность меняли по бабушкам/дедушкам, как правило, доказывая. что они подвергались репрессиям по национальному признаку, поэтому их дети выбирали ненемецкую национальность, хотя всегда идентифицировали себя с немцами и заявитель тоже себя считает немцем, поэтому просит изменить его национальность, которая не соответствует действительности.

ЗАГС в отказе об изменении национальности моих детей пишет, что: "документы, подтверждающие факт принадлежности Вашего отца к национальности "немец", не представлены. Для положительного решения вопроса об изменении национальности отца в записи акта Вашего рождения и рождения Ваших детей необходимо решение суда об установлении факта принадлежности гражданина ФИО(моего отца) к национальности "немец", или решение суда о внесении изменения национальности отца "русский" на "немец" в записи акта о Вашем рождении." Теперь некая растерянность, может нужно было и заявление на свой СОР сразу писать?

А по-моему, все понятно. ЗАГС даже написал Вам какого решения суда будет достаточно, чтоб внести изменения в АЗ о рождении Ваших детей:

об установлении факта принадлежности гражданина ФИО(моего отца) к национальности "немец", или решение суда о внесении изменения национальности отца "русский" на "немец" в записи акта о Вашем рождении."

Об этом и просите в иске, можете даже одновременно. Если решение будет в Вашу пользу, то с ним пойдете в ЗАГС и внесете изменения сразу и в свое СОР и в СОРы детей.