Скорее всего загвоздка где то здесь. Отец жены жив?есть отказ его?
P.s: на мой взгляд у отца был отказ и если в его отказе указывается ваша жена,то и ее тоже по сути не признали немкой, поэтому видимо запрашивают документы по деду,ищут по его линии немцев, раз по линии бабушки были отказы.

Причина не в этом. Если бы у супруги ТС был собственный отказ, то никто не стал бы ей присваивать первичный номер антрага, а также запрашивать док-ты на предков, просто написали бы отказ в принятии дела к пересмотру.

P.s: на мой взгляд у отца был отказ и если в его отказе указывается ваша жена,то и ее тоже по сути не признали немкой, поэтому видимо запрашивают документы по деду,ищут по его линии немцев, раз по линии бабушки были отказы.

Эти бабушка и дедушка родители одного человека - отца супруги ТС, они оба немцы, так что происхождение она сможет вести по обеим этим линиям и отказ ее отцу здесь не при чем.

Для нее главное доказать происхождение от такого предка, которому было более 16 лет в июне 1941-го и, который декларировал себя немцем, либо от гражданина Германии. Так что ей нужно СОР дедушки и справки о репрессиях по нац. признаку на его родителей, либо подтверждение наличия гражданства у бабушки.