Сначала обратилась в ЗАГС РФ по месту прописки , заявление не приняли ссылаясь в а то, что документ выдан в РК, им его и менять .

Все верно если документ выдан в Казахстане, то только там и смогут внести изменения в актовые записи и выдать новый документ или отказ внести изменения. Ваш ЗАГС должен был переслать Ваше заявление на изменение национальности в ЗАГС Казахстана в рамках Минской конвенции. Здесь недавно даже выкладывали разъяснение ЗАГСа о порядке истребования документов с территорий государств, подписавших Минскую конвенцию:

Порядок внесения изменений точно такой же: Ваш ЗАГС составляет заявление в адрес ЗАГСа в Казахстане, тот свой ответ пересылает на адрес Вашего ЗАГСа. Если ответ положительный, то сразу вышлют новые документы, если отрицательный, то идете с ним в суд по месту своего жительства. Если решение суда положительное, то отправляете его в Казахстан для исполнения в рамках той же Минской Конвенции, если отрицательное, то прикладываете к нему В1 и отправляете в BVA.

Когда Вы были в Казахстане, Вы не взяли в ЗАГСе письменный отказ?

Вам надо было хотя бы отказ от них получить, пусть даже с формулировкой, что Вам отказано, т.к. Вы не гражданка РК. Может такой отказ тоже бы устроил BVA вместе с В1.