В СОР Супруги - национальность немка, родилась до 1993 г в КЗ; в СОР мамы супруги - национальность немка - родилась 1947 г в КЗ, при этом в СОР мамы супруги указана мать мамы (бабушка супруги) - национальность немка

Возьмите еще раз СОРы в руки. Смотрите внимательно, ну не может быть в СОР национальности родившегося, ТОЛЬКО национальности родителей!!!

Бабушка была переселена в КЗ из Украины, год переселения не известны

Скорей всего сентябрь-октябрь 1941 года.

Вопрос - достаточно ли документов, а именно СОР мамы супруги, где уже ее мама - немка.?

Да, если бабушке было 16 и более лет в 1941 году.

Доказать национальность на 1945 год

Нужно доказать что человек, будучи совершеннолетним на момент начала войны(16 лет и более), то есть в июне 1941 года и не скрывал свою немецкую национальность. Также чтобы соблюдалась условие непрерывного проживания на территории бывшего СССР с момента 8 мая 1945(в случае насильственного переселения с 1952 года)

Не факт, что бабушка супруги была совершеннолетней в 1941 году. Таким образом надо искать данные о прабабушке и(или) прадедушке. На них надо справки о реабилитации или справки о репрессиях и СОР бабушки. Также ее СОБ и т.д. до прослеживания родства с Вашей супругой.

И еще вопрос, супруга родилась в КЗ, но 10 лет назад переехала на ПМЖ в РФ, получила гражданство РФ - является ли это основание для отказа, а именно непрерывное пребывание в стране исхода?

Отказа не будет. Требуется непрерывное пребывание в странах СССР(кроме Прибалтики), а не в какой родился.