Как выписывались? Пришлось выезжать в Россию и заезжать обратно по шенгенской визе?

Да. Все верно. (и ничуть не сожалеем)

из Германии позвонили в паспортный стол и уточнили дни и сроки подачи. Так же предупредили и попросили паспортный стол принять нас в конкретный день( на словах, объяснив ситуацию).

В день прилета в РФ из Германии за час до закрытия были с чемоданами в паспортном столе. Была очередь. Но нас приняли. Готовность обещали максимум через 7 дней. В нужные сроки все было готово. (через гос услуги нам рекомендовали не делать, лучше лично придти с документами)

Также, при нахождении в РФ не тратятся дни шенгенской визы, но это и понятно. Пока мы в РФ эти дни , можно сказать, сохраняются.

Въезжали в Германию имея в запасе порядка 20 дней действия шенгенской визы (виза не Германии, а другой страны).

При въезде в ФРГ спросили -путешествуем ли мы. В ответ предоставили АБ. Вопросов больше не было.