Бабушка родилась в 1929 году. В первичном нет национальностей и я думаю там их не было. Хотя, проверю в архиве.

Обязательно проверьте, т.к. национальность родителей стала указываться в актовых записях еще с 1926 года.

Дети рождены после 2004

Тогда просите внести Вашу национальность в графу "дополнительные сведения".

Т.е. подавать и одновременно делать все эти коррективы? Или стоит все сразу уже отправить "в чистом виде"?

Я бы убедилась перед отправкой, что в актовой записи о рождении бабушки нет национальностей родителей. И если есть, то возьмите вытяг из этой АЗ и отправьте его вместе с оригинальным СОРом, повторный с прочерками отсылать не надо.

И хорошо бы из Бундесархива ответ получить до подачи антрага, гражданство прабабушки могло бы поставить точку в вопросе Вашего немецкого происхождения.

Все остальные изменения можно делать и после подачи антрага, тем более, что в те документы, что Вы отправите с антрагом, изменения вноситься не будут, только в актовые записи, вытяги из них и дошлете, когда понадобится декларация Вам и отцу.