После поисков получила СОБ бабушки и дедушки повторное, дед немец.

Брак, наверняка, был зарегистрирован до войны, а важна декларация после июня 1941-го.

Дедушка с бабушкой официально брак расторгли? Если да, то попробуйте получить справку о браке, в ней должна быть декларация в период репрессий. Но, судя по тому, что Вам выдали повторное СОБ бабушки с дедушкой, брак не был расторгнут, иначе бы сразу выдали справку о браке. Но уточнить в ЗАГСе стоит.

Где дедушка проживал до войны (1941 год)? Возможно, что в МВД сохранились сведения о выселении.

Где дедушка проживал в то время, когда его мобилизовали в трудовую армию (1942 год)? Там же, где его мать и сестра - в Пермской области? Они были туда выселены в 1941-м или жили задолго до войны?

Попробуйте обратиться в военкомат по месту призыва, возможно, там сохранились сведения.

Делала туда запрос о СОС. Пришел отрицательный ответ.

Можно признать дедушку без вести пропавшим и получить его СОС, правда, только через 5 лет. Так что этот вариант не самый предпочтительный.

И нашла, что моя прабабушка и сестра деда были с 1942 по 1956 как немцы поселенцы в Пермской обл.

В справке, что Вы процитировали, указан 1948 год постановки на спецучет (не 1942), а год снятия с учета 1954 (не 1956). Есть еще какие-то справки, в которых указаны другие годы?

Год снятия прабабушки со спецучета (1954) свидетельствует о том, что она была из числа "местных немцев", т.е. на момент начала репрессий проживала в Пермской области. Это так?

знаю только что он был в трудармии в Челябинске и то это из показаний его сестры в её деле

У Вас есть эти показания? В BVA их видели?

А потом жил в Гурьеве (сейчас Атырау) с новой семьей.

Как и когда дед туда попал? Предположим, что его демобилизовали в 1946-1947 годах из трудовой армии в Челябинске, тогда он должен был либо вернуться на место жительства до мобилизации, либо остаться на спецпоселении там же, где был в ТА.