Вот такой случай, когда память в семье сохранена, а в гос. учреждениях нет(((

Это все очень печально. К сожалению, я тоже не могу ничем помочь, т.к. никогда не слышала про какие-то отдельные списки, находившихся на спецучете в комендатуре в Украине, в РФ таких точно нет, иначе все запросы делались бы централизованно, а не в различные ИЦ МВД. А вот в Казахстане, насколько я поняла, все архивные дела собраны в одном месте - в комитете по правовой статистке и специальным учетам при Прокуратуре РК.

Я так понимаю, что Вы хотите в антраге указать комендатуру, но опасаетесь, что могут запросить справки, которых у Вас нет? Тогда напишите про это на 15 странице антрага и добавьте, что не смогли найти подтверждение тому, что Ваши прямые предки находились на спецучете в комендатуре, т.к. сведения не сохранились, только на одного члена семьи данные уцелели и приложите справки и на этого родственника и о том, что сведения на других не найдены.

Вы же нашли в БА сведения о своих предках? Они были натурализованы? Полагаю, что этого должно быть достаточно для подтверждения их декларации.