1) У моей бабушки папа (мой прадед) - немец, был женат на русской. Есть оригинал свидетельства о браке с прабабушкой. Про национальность там ничего не сказано.
2) Восстановленное в 1954г СОР моей бабушки, в котором написано, что ее отец - немец в графе "национальность". По сути, сейчас это единственный документ, где фигурирует слово "немец".

В каком году бабушка родилась? В каком населенном пункте было выдано восстановленное СОР? Под комендатурой ваша бабушка, скорее всего, не была?

Я правильно понимаю?

3) Свидетельство о смерти прадеда (репрессирован, расстрел), там что-то про контрреволюционную деятельность, про национальность ничего не сказано.

В каком ГОДУ он был репрессирован и расстрелян. Случайно не до войны?

Статья названа?

4) Справка о реабилитации прадеда, про национальность ничего

статья, указ, годы - что-то да указано в этой справке. Выложите ее - и люди, в справках разбирающиеся, скажут вам, подходит ли такая справка

5) Справка о признании моей бабушки пострадавшей от политических репрессий. В справке указано, что она является дочерью прадеда, которого репрессировали

Опять же, важен не только ФАКТ репрессий, но и их ПРИЧИНА.