как называется ведомство, занимающееся нацистскими преступниками?

Не знаю, как называется ведомство, но с чего Вы взяли, что Ваш отец "нацистский преступник"? Его же не в Нюрнберге судили, а в СССР. Но и плюсом это тоже не является, в общем, не заморачивайтесь на сей счет.

В метрических книгах национальность не указывалась, только вероисповедание и даже если и найдется Ф1 первого паспорта Вашего отца и там будет указано, что он немец, то эти сведения будут датированы 1936 годом, а нужна подтвержденная декларация на 1941-й и позже, а позже Ваш отец записан русским в Вашем СОР и это плохо, это перечеркнет все Ваши усилия, т.к. BVA просто напросто не поверит Вам.

Мне кажется, что архивы Германии и Польши - это единственное направление, где имеет смысл искать подтверждение национальности.

И еще проверьте своего отца на наличие гражданства Германии, возможно, что он его получил. Это был бы самый предпочтительный вариант, чтоб сведения о декларации исходили непосредственно из немецких источников.