Если я правильно поняла, то у вас получается так:

Прабабушка-немка + Прадедушка азейбарджанец.

"Есть копия паспорта маминой бабушки,где указано,что она немка,есть справки о репрессиях, реабилитациях, "

Бабушка: СОР мама немка + папа азейбарджанец
1.Паспорт -азейбарджанка
Замена национальности перед подачей антрага
Отказ в 1999 - это должен быть отказ по декларации.

Мама: СОР Мама-азейбарджанка+ папа русский
отказ в 1999 : Этот отказ я честно понять не очень могу.
В основном пишут,что в первом паспорте выбрала национальность по отцу русская.
И сама решила НЕ принадлежать к немецкому народу. Про происхождение здесь не видно.
НО когда говорится о возможности включения в антраг матери,написано что не возможно,потому что ей отказали в нем.

Можно ли за это зацепиться, что они забыли прямо написать нет происхождения?
Даже не знаю, есть ли тут какой то процент на словоблудие ?

Попробовать можно - это замена вашего СОР.

Дочь: СОР Мама -русская + папа азейбарджанец
отказ в 1999: Происхождение нет родителей немцев.

Но из всей цепочки поколений, вопрос бы решился у бабушки и за ней все.
Бабушка 100%- пересмотр на основании закона 2013
Мама- это будет большой удачей.(Но был уже случай такой здесь на форуме, что БФА имея два основания для отказа Происхождение и ШТ.Не посчитал нужным про происхождение упомянуть, обосновал отказ ШТ и девушка получила через пересмотр АБ)
Дочь- зависит от Мамы.