у мужа при рождении было зеленое СОР в котором национальность шла русский

Чья национальность в СОР мужа "русский"? Отца, который немец? Как такое могло произойти?

отец и дед мужа умерли,а они являлись немцами

Теперь собственно вопрос, что делать если в архиве национальность русский?как восстановить национальность немец? И что за это будет?

Ничего не делать, даже если Вам выдадут новый СОР, где отец Вашего мужа будет "русский", BVA этот факт вряд ли заинтересует. Происхождение Вы, судя по всему, ведете не от него, а от деда мужа. Так что главное, чтоб в СОР отца мужа, Вашего свекра в графе "национальность отца" было написано "немец", плюс справки о реабилитации на дедушку. Какого года рождения дедушка и отец мужа?

По архивной справке сделаны все ныне существующие документы(паспорт,удостоверение,СОР ребенка и везде нац.немеу)

Ну и отлично, значит, с декларацией у Вашего мужа все в порядке.

И до этого как раз в 2004 году дед отправлял документы как ПП,но получил отказ из за незнания языка,документы на моего мужа отсылались.

Главное, чтоб отказ деда не распространялся и на мужа, т.е., чтоб не было в нем формулировки типа: херр такой-то (Ваш муж) не является немцем, т.к. отсутствует происхождение от лица немецкой национальности.