1. Нужно ли мне менять фамилию прежде чем подавать документы ?

Я бы поменял, предъявив ЗАГСу как доказательство восстановленный СОР Вашего деда с указанием его настоящей фамилии + доказательство установления отцовства деда над Вашим отцом. А то в БВА сложится мнение, что он - не родной отец вашего отца.

2. Стоит ли так же попытаться получить справку о реабилитации на прадеда в МВД, так дед на 1941 был несовершеннолетним? Есть большие основания полагать что к 1941 году прадед уже был расстрелян, но документально так ничего не и нашли.

Вам лучше вести происхождение от прадеда, сделав запрос в МВД. Главное чтобы был факт репрессий в отношение его по национальному признаку.

Если не получится, то можно вести происхождение от деда, но смущает то, что Вы написали

национальность деда в СОР отца так и осталась – русский

Это может стать проблемой, так как он задекларировал себя русским.

3. Я пребывал в Австралии ( 1 год учился - повышал квалификацию и 1 год работал потом по контракту) – может ли это осложнить дело?

ВНЖ было у Вас? Осложнить может.