(к моему искреннему удивлению) я не был не вписан

Это единственная хорошая новость. Значит, Вы не получали отказ и теперь можете подать свой антраг (первичный) и вести происхождение от деда.

Но в переводе написано, что вопрос о немецком происхождении остаётся открытым, если я правильно понимаю, это означает для моей семьи скорее плюс

Скорее, минус. Т.к. если бы происхождение не вызвало сомнений, то и к Вам вопросов не было бы. А теперь Вам придется доказывать, что Ваш отец сын деда.

При этом, не совсем понятно, каким образом Ваш отец внес изменения в свой СОР. Был суд по установлению отцовства или дед его усыновил? Или нашелся первичный СОР и на его основании внесли изменения? А что с предыдущим отцовством? Его аннулировали?

отец стал носить фамилию усыновившего его отчима

Усыновление - это не просто смена фамилии, а гораздо более сложная процедура.

тем более, что с имеющимися теперь на руках документами о немецком происхождении и адресами родни уехавшей по Антрагу деда, есть что предъявить документально

Измененные документы от 92-го года и тогда имелись, но ситуацию не прояснили, а на родню вообще не стоит рассчитывать, тем более, что родство с ней пока еще не доказано. И даже если будет доказано родство с дедом, то родня все равно ничем не поможет, разве что документы на деда предоставит.

В течении суток найду оригинал из Bundesverwaltungsamt и выложу тоже, если надо.

Не надо. Самое главное и так понятно: отказ не распространялся на Вас и происхождение так и осталось не доказанным.

Теперь на счет Литвы.

в Литве жил с 1987-1987, 1991-2001(неофициально)2005 (официально)причина отъезда из Литвы - учеба в Университете.

1987 год можно не брать в рассчет, т.к. это было еще советское время.

На мой взгляд самые интересные периоды:

1991-2001(неофициально)2005 (официально)

Но не совсем понятно, что такое "не официально" и "официально". Если Ваш неофициальный период нигде не отражен (например, в трудовой книжке), то, вероятно, о нем можно умолчать. Хотя, 10 лет срок вполне достаточный, чтоб подходить под определение "перенос жизненных интересов", на мой взгляд. А на каком основании жили в 2005 году? Если по работе, то вот почитайте, что пишут по этому поводу в соседней ветке:

https://foren.germany.ru/showmessage.pl?Number=32111750&Bo...