У меня было так:
Сначала подали документы в ФМС на заграничный паспорт, при подаче в анкете указывали "для постоянного проживания за границей", после этого пошел в ЕИРЦ (паспортный стол) и сказал, что хочу выписаться на ПМЖ, выписали без проблем, (правда сначала заслали в бухгалтерию за справкой об отсутствии задолженностей по коммунальным платежам)- поставили в общегражданском паспорте штамп о том, что снят с регистрационного учета и выдали листок убытия (если среди Вас есть несовершеннолетние дети им в последствии он понадобиться уже в посольстве). После чего пришли снова в ФМС (через месяц после подачи документов) там лежат готовые загранпаспорта с двумя отметками: "ВЫДАН ДЛЯ ПОСТОЯННОГО ПРОЖИВАНИЯ ЗА ГРАНИЦЕЙ" и "С РЕГИСТРАЦИОННОГО УЧЕТА НЕ СНЯТ", предъявил общегражданский паспорт со штампом о снятии с регистрационного учета, после этого поверх отметки "С РЕГИСТРАЦИОННОГО УЧЕТА НЕ СНЯТ" поставили еще одну "АННУЛИРОВАНО", а в общегражданский паспорт поставили отметку о том, что "получен заграничный паспорт № такой то для постоянного проживания за границей". На этом все, когда кстати забирал общегражданский паспорт, спросил, что делать если снова захочу прописаться, сказали придешь со свидетельством о собственности или с собственником и без проблем пропишем куда хочешь.
Разворот загранпаспорта с отметками выглядит так: