Да... но тем неменее...

Может быть. Хотя я лучше здесь воздержусь от советов. Решайте сами. Как известно, BVA не любит повторные документы. Сразу встанет вопрос, зачем меняли. Т.е. просто скрыть от них факт того, что раньше была ненемецкая национальность, вряд ли удастся.
Вообще у Вас два варианта:
1) Сделать новое свидетельство с "правильной" национальностью. Однако у BVA может возникнуть естественный вопрос, почему Вы только сейчас решили поменять СОБ? Подозрительно, что Вы вспомнили о Вашей "немецкости" только, когда решили переселиться в Германию... (Я ни в коем случае не хочу обидеть Ваши чувства, но такой может быть реакция BVA). Подумайте над этим тоже.
2) Не менять свидетельство, но подготовить ответ на вопрос, почему Вам отказали записать немецкую национальность; может пусть в загсе письменно обоснуют, почему запретили Вам это сделать... т.е. как-то надо объяснить и доказать, что Вы настаивали, но Вам отказали.
Ещё раз скажу, я не предлагаю Вам как лучше. Это решать только Вам. (Не хочу брать ответственность на себя в случае чего). Просто пытаюсь прикинуть, какие есть варианты.