1)
трудно судить по вашим словами , чем конкретно руководствовался работник миграционной службы , говоря вам что нужен новый паспорт ...
Просто для информации :
- в визе как правило отказывается, если на момент планируемого выезда до окончания срока действия загранпаспорта остаётся менее 6 месяцев ...
- оформление/выдача нового загранпаспорта по российским законам не допускается без изъятия или аннуляции ранее выданного.
2).

- российский внутренний паспорт как правило изымается с проставлением в загранпаспорт пометки о выезде на ПМЖ ..
- одной из предпосылок приёма вас в ФРГ в качестве немецкого переселенца является принятие постоянного места жительства в ФРГ ..
- как российский гражданин вы обязаны встать на регтстрационный учет в российском консульстве ..
- вы можете обладать двумя гражданствами , но постоянное место проживания у вас может быть только одно ..
3).
- по тому же загранпаспорту , по которому вы из России уехали , если у него ещё достаточный (см.1) срок действия ...
- новый загранпаспорт, полученный в российском консульстве , будет также содержать пометку о регистрации ПМЖ в Германии ...
- если Вы собираетесь вернуться в Россию навсегда , то для для постановки на постоянный регистрационный учет в РФ вам необходимо сняться с учета в российском консульстве ...
- если Вы собираетесь вернуться на время , то в РФ существует процедура временной регистрации/прописки ...