В салоне, конечно же, лучше, но и в багаже вполне себе нормально. Но если везу животное в багаже, после взлета "отлавливаю" стюардессу и прошу: "Девушка, у меня в багажном отделении летит животинка. Не могли бы Вы уточнить, точно ли включили отопление в багажном отсеке?".
Один раз везла хоречков, авиакомпания не брала их в салон ни под каким соусом, только в багаж. Перед взлетом по селектору меня вызывают к передней двери и отдают пою переноску с хорями в салон. Пояснили, что в багажном отсеке они в этот рейс перевозят какую-то рыбу и отопление включить не могут. Так что везде люди.
Котам, конечно, это намного более волнительно, чем собакам или хорям, тут уж надо на само животное смотреть.
И еще один совет, сама не сталкивалась, слава Богу, но рассказывают страшные истории - нужно обматывать переноску скотчем (хотя эйрберлин, например, и так это требует). Говорят, нерадивые работники аэропорта, когда везли животное в самолет, поставили переноску сверху багажа, откуда она упала, открылась и кот сбежал, даже представить страшно его стресс.