То, что я читала в сети и с моей собакой помогло, хотя у нее это в таких масштабах и не проявлялось.
Тренировать по несколько раз в день, не уходя из дома. Закрыть его в какой-нибудь комнате, как только начнется скулеж, войти и не обращая абсолютно никакого внимания на щенка, не смотря на него, полный игнор, пройтись по комнате и снова выйти. Так может быть 10 раз подряд. Когда-нибудь настанет момент, когда он не сразу заорет, а может быть минуту помолчит, тогда войти с вкусняшками и начать его ласкать, хвалить, играть и т.д. Как только орет - снова полный игнор. И так повторять много раз, пока до него не дойдет, в чем дело.
Но мое мнение, что в этом возрасте он действительно боится, и я бы не оставляла его одного. Я сужу по своей собаке, она вообще в этом возрасте ходила за мной хвостиком, даже есть прекращала, если из комнаты выходили, и бежала за человеком. Через месяц-два стало совсем по другому, стала бегать одна по всем комнатам. И тогда для нее уже был не такой сильный стресс, когда стали приучать ее одну оставаться.