Nebenwirkungen von Impfungen treten am häufigsten als unspezifische generalisierte Krankheitszeichen auf: Der Hund frisst nicht mehr so recht, ist müde und hat vielleicht etwas Fieber. Diese Nebenwirkungen treten meistens wenige Stunden nach der Impfung auf und können ein bis drei Tage dauern. Sie sind im Allgemeinen von milder Natur und verschwinden von alleine. Da die Wirkung der Impfstoffe über die Stimulation des Immunsystems vermittelt wird, werden diese Nebenwirkungen in Kauf genommen.
Es kann auch vorkommen, dass nach einer Impfung milde Symptome der Erkrankung auftreten, gegen die der Impfstoff gerichtet war. So können nach einer Zwingerhusten-Impfung z. B. Husten und/oder Nasenausfluss auftreten.
Gelegentlich kommen nach Impfungen auch allergische Reaktionen vor: Beim Hund äussern sich diese am häufigsten als Nesselfieber (mit Rötungen und Schwellungen, v. a. an Gesicht und Ohren), Durchfall, Erbrechen oder Atemprobleme. In sehr seltenen Fällen kann es zum Tod des Hundes kommen. Diese Nebenwirkungen treten Sekunden oder Minuten nach der Impfung auf und können 24 bis 48 Stunden andauern. Die Patienten müssen also für diese Zeit beobachtet werden, und eine Therapie durch den Tierarzt kann notwendig sein.