Во первых,
чтобы индивидуально, с нуля состряпать хотя бы "простенький" сайтик как на Джумле или Вордпрессе,

со всеми "мелочами" для администрирования магазина (товар, покупатели, оплата...),

Нужно будет посидеть не один месяц.

Это если полностью всё с нуля индивидуально программировать так, чтобы всё работало именно так,

как должно работать и чтобы было более-менее надёжно с точки зрения взломов и .

За это должен будет кто-то заплатить.

Тут уже в две штуки никак не уложиться.

А платить "бешенные бабки" мало кто любит, тем более за какой-то "простенький" магазинчик.

Во вторых,

При индивидуальном программировании клиент (заказчик) полностью привязан к исполнителю.

И в случае чего, мало кто другой будет в состоянии поддерживать такой индивидуальный магазин,

так как все прораммируют на свой лад и в чужих кодах потом разбираться, это уже дело как говориться неблагодарное...

(это ещё при условии, что кодил кто-то, кто может структурированно и чисто работать. А это уже редкость.)

В третьих,
подгонка такого шопа тод актуальные тербования законодательства, это будет тоже индивидуальное развлечение...

Возьмем к примеру одно из последних DSGVO.

В четвёртых,
"готовые дыры", они хоть как-то со временем латаются и если за сайтом регулярно присматривать,

и применять хотябы примитивные меры безопасности, то они держат хорошо и долго.
При индивидуально созданном (спрограммированном) сайте этим будет сложно похвастаться.

Такие сайты обычно никто не актуализирует пока они полностью не загнуться.

А предусмотреть все возможные дыры и их сразу же при программирвоании закрыть, это уже вообще не реально.

И воодще, по статистике, большинство нападений производится именно на более ходовые CMS (WordPress, Joomla),

даже не зависимо от того, на чём сайт действительно создан.

А если создать шоп сразу на Shop-Зофте, то всё будет значительно серьёзней и надёжней.