У нас есть Aufenthaltstitel

Это и есть вид на жительство! Просто временный, а не постоянный. Не называйте его "визой", никакой "визы" у Вашего сына нет, есть временный ВНЖ.

Да,у сына есть прописка в РФ и также его доля в квартире.

Доля в квартире не имеет никакого(!) отношения к прописке. От слова "вообще".

Однако если есть прописка, то новый внутренний паспорт в 20 лет делать придется. Вам надо было, конечно, Вашего мальчика до совершеннолетия выписать, тогда внутренний паспорт можно было бы не оформлять и армии можно было бы не бояться. А теперь придется делать новый внутренний паспорт, а для этого вставать на воинский учет. И да, поскольку он прописан, с ОГРОМНОЙ вероятностью его будут призывать в армию.

Кстати, даже наличие постоянного ВНЖ при наличии прописки вообще ничего бы не изменило. Чтобы не быть призванным на срочную службу, надо НЕ иметь прописку в России, а в Германии достаточно иметь любой ВНЖ: хоть постоянный, хоть временный.

Поскольку ему реально грозит армия, может быть, пока сейчас еще действует нынешний внутренний паспорт, стОит попытаться как-то его выписать в России? Не знаю, получится ли это без военкомата, который, разумеется, может и не захотеть "терять воина", но попробовать-то можно было бы...