Техника давно уже надежна, а вот пользуются ей не особо подкованные. Или вы считаете что те кто вебсайты делает - профессионалы до мозга костей? Да они в безопасности нихрена не смыслят, за редкими исключениями, вот и воруют у них номера кредиток.
Кредиткой оплачивать надежно - если не совать её кому попало, и использовать предлагаемые меры защиты (пароль, смс).
Но если пользователь готов свою кредику ввести на любом онлайн-магазине, не проверив, можно ли ему доверять - это уже его проблема. Только кто ж проверять будет - это ж столько телодвижений лишних.
А вот с наличкой - отдадите вы свои кровные кому-то, а он через заднюю дверь брысь и всё - ищите свои денежки, а в случае с кредиткой - вам всё вернут. Что надежнее?

Чего именно? Как на 100% защитить? Самый простой вариант (это очень упрощенное описание) - при оплате кредиткой приходит смс с кодом, который нужно ввести на терминале (вместо пина). Это уже пробовали, но хитропопые потребители сказали "это слишком сложно". Ну если сложно, хотите просто кредиткой махнуть - тогда получайте 80%, а не 100%.