Под транзитом в международном праве понимается проезд с территории одной страны через другую страну в третью страну (и только так!). Т.е. в случае въезда в Чехию из Германии транзитом является выезд из Чехии в Польшу, Словакию или в Австрию (откуда потом вы спокойно могли бы вернуться в Германию). То, что чешские пограничники пропускают кого-то назад в Германию без проблем (с "петлей" или без) говорит только об их формальном (пофигистском) отношении к служебным обязанностям. Потому что по долгу службы они ОБЯЗАНЫ регистрировать все нарушения режима въезда-выезда.
Касательно, "еще более смешной" Хорватии. (для справки: Хорватия не входит ни в Шенгенское соглашение, ни в Евросоюз).
В прошлом году вы отдыхали там "без всяких таможенных проблем" по той же причине разгильдяйства (или усталости) хорватских пограничников, которые, увидев немецкий номер на вашем авто, не удосужились взглянуть на паспорта. Об их некомпетентности говорит и предложение начальника хорватского пропускного пункта (если вы ее правильно поняли) "подъехать в Любляну за визами". В Любляне (которая - для справки - является столицей Словении, а не населенным пунктом Германии) вы могли бы получить визу в Хорватию только в том случае, если бы имели вид на жительство в Словении на срок не менее 30 дней (или - естественно при наличии подтверждающих документов - особые обстоятельства: посещение смертельно больных родственников, врача, который единственно может спасти вам жизнь или здоровье и т.п.).
В противном случае визу следует оформлять в стране проживания (обратите внимание: не в стране гражданства). Такова практика международных консульских отношений (по крайней мере в Европе), о чем до вас и было доведено в доступной для вас форме в городе Любляне в неуказанном вами учреждении. Кстати, практика эта основана на законах, а не на "шенгенских понятиях" (как вы изволили выразиться).
Ваше болезненное отношение к вашим же украинским паспортам, наряду с откровенным нежеланием даже ознакомиться с правовыми нормами государств, куда имеете намерение въехать (что в век интернета и мобильных телефонов проще простого), не говоря уже о пренебрежительном отношениям к этим странам (если для вас Хорвания "зачуханная", зачем же вы туда ездите), являются прямыми доказательствами того, что ваши "пироги" замешаны не на правовой неграмотности, а на воинствующем нигилизме.
Вот только воюете вы не с этими государствами за право свободного передвижения украинских граждан (что хотите изобразить), а как вполне очевидно из вашего второго сообщения за право быть "туристом из Германии".

Что ж, как говорится, флаг вам в руки! Только, по моему, это самый глупый и бездарный способ борьбы. Но это уже тематика иного форума.