Задача такая: У гражданина России есть шенгенская виза, выданная Эстонией.
Вопрос:
1) Может ли он через Эстонию прилететь в гости в Германию?
2) Может ли он напрямую из России прилететь в гости в Германию?
Заранее спасибо за ответы.

Виза однократная или многократная?

даже не знаю, надо будет спросить.
это реально влияет на возможность въезда в Германию?

Да. Если виза однократная - нужно в любой момент быть готовым доказать документально, что Эстония - основная цель пребывания, а Германия - так, проездом. А если виза мульти и уже была поездка чисто в Эстонию - можно оставшийся срок действия визы свободно использовать по Шенгену.

а как доказывать, "что Эстония - основная цель пребывания"?
т.е. если ехать через Эстонию в Германию и назад возвращаться через Эстонию, то проблем никаких быть не должно?
А кто-нибудь может посоветовать, кому можно в Германии официально задать этот вопрос, чтобы полученный ответ (если он положительный) в случае чего придъявить в аэропорту пограничнику?

билеты на транспорт, квитанции отелей, чеки из магазинов местных в Эстонии, где что-то покупали. Надо чтоб в Эстонии большая часто времени была.
если проездом через Эстонию и так же назад? Тут может будут проблемы, а может нет. Наверняка никто не скажет. Как повезёт. Формально в этом случае имеет место быть нецелевое использование визы. Заметят это при контроле или нет - кто знает...

Не будет, моя жена, ещё до женитьбы ездила ко мне с эстонской и литовской визой, в польском баре была облава, 15 ментов в, паспорт был дома, благо дом в трёх шагах, принёс, посмотрели, и всё. вылетал я с ней сам с германии, погранцов не интересовало это. эстонии к стати она в жизни не была при этом. так что не переживайте