у меня ауфентальткарта, подскажите, могу ли я брать билеты туда-обратно в россию через швейцарию? не будет ли проблем?

Не понятно, какого рода проблемы Вы имеете ввиду.
Например, можно представить, что Вы повезёте с собой килограмм кокаина и Вас арестуют, - чем не проблема?
или свалитесь в аэропорту с эскалатора - тоже бывает.
Предсказать нечего нельзя.

с немецким видом на жительство вы можете путешествовать по всему шенгену http://faq.germany.ru/schengen.db/items/8.html?op=