Это вопрос по теме.

Вы что-то путаете. Правильно сказали, что есть правило "основной страны", а не "въезда". А по-вашему получается, что если человек летит в Германию из России через Вену, то его в следующий раз не пустят

Полностью с вами согласна.
У меня был первый Шенген в Германию и я летела через Литву транзитом. Туда и обратно. И чтобы при следующей подаче документов на визу у меня не было вопросов, я сохранила все билеты (вернее, посадочные талоны) и сделала копию, чтобы показать, что в Литве я была транзитом на час, а основное время я была в Германии. Эту копию у меня в Посольстве взяли и выдали следующую визу без проблем.