В августе я хочу ехать с детьми в отпуск в Эстонию, где я раньше жила. У меня 2 детей - старший 15 лет и младшей 2года. Младшая родилась в Германии. Какие мне нужны документы что бы выехать с младшей в Эстонию и вообще что надо?

паспорта всем надо, какие - зависит от гражданства, но все обязаны иметь паспорта, начиная с рождения

получается что моей дочке надо немецкий паспорт делать или хватит только её вписать комне в паспорт?

Какое у Вас гражданство? Какое гражданство у детей? Если гражданство не немецкое, у всех ли есть немецкий ВНЖ?

у меня и у старшего российский паспоррт. а у мелкой как выходит из выше написанного - немецкое. а что такое ВНЖ?

ВНЖ - это вид на жительство. У вас и у Васего сына есть немецкий ВНЖ?
"Из вышенаписанного" никак не выходит, что у младшего ребенка немецкоге гражданство. У неё папа немец? (По месту рождения в Германии гражданство не дают, только по одному из родителей.)

Папа имеет немецкое гражданство. я и мой сын имеем пастоянное место жительство в Германии

Тогда для поездки в Эстонию Вам надо иметь: Вам и сыну действительные русские загранпаспорта с немецкими NE (Niederlassungserlaubnis - постоянный ВНЖ), а для Вашей дочери действительный немецкий Kinderausweis.
Хорошо бы еще иметь Auslandsreise-KV, но это, кажется, никто не проверяет никогда, пока не заболели.

а разрешение от папы надо иметь, что он разрешает вывозить свою дочь?и как долго делать дочере детский паспорт? нельзя вписать её просто ко мне в паспорт?

не надо

Вписать можно, но это будет означать только родственные связи, а не ее документ для путешествий.
С этой весны полноценно не вписывают. Так что оформляйте новый паспорт.

вписание в Ваш паспорт никак не может подтвердить, что у Вашей дочери - немецкое гражданство...