Следующий вопрос, начиная примерно с Юры, происходит взрыв появления и распространения различных форм животного мира, которых относительно недавно ещё не было ни в Триасе, ни тем более в Пермском периодах, что спровоцировало качественное изменение организмов

чему удивляться? Было сухо и жарко, а в Юре стало влажно и жарко.

За такой период возникали и исчезали сотни и тысячи видов и подвидов других существ, но Канчиль это не коснулось,ПОЧЕМУ???

Если какой-то вид может выжить не изменившись, то эволюции незачем его менять. Видно оказалось что достоинств достаточно. Маленький, значит пищи хватает, особенно если учесть рацион, в болоте не утонет, пройдет сквозь любой кустарник, хорошо прячется, умеет замирать если надо, даже залезть на дерево, активен ночью, умеет ходить под водой... Тоже самое с деревьями, крокодилами и др. о которых ты упоминал выше: они оказались достаточно крутыми, только и всего.
а как ты думаешь каких видов было больше - переходных или конечных?