Как раз в науке многие открытия делались именно
вопреки здравому смыслу. Так что Ваша теза(наука – это здравый смысл) не корректна.

Фундамент мироздания, пардоньте, Дух, а не материя.
Дух первичен, материя вторична.

Не вопреки здравому смыслу, а вопреки всеобщих заблуждений.
Смотря что принять за дух. Если по религиозному - то так. Если по научному - то нет.

Почему вы думаете, что дух первичен? В религии такого нет, в науке тоже нет.

В науке нет духа.

Можно стать другом. Иисус Христос ведь сказал ученикам, что уже не называет их рабами.

А как вы гостей принимаете? Приглашаете - и они приходят.
Если Вас действительно интересует этот вопрос, просто пригласите Иисуса. Только распахните для Него не дверь жилища, откройте себя.

Вот-вот. До момента научного открытия "всеобщие заблуждения" и являлись здравым смыслом.

Это говорит только о том, что в природе нет ничего постоянного, всё меняется, в том числе и отношение к "здравому смыслу".

"В начале было Слово, и Слово было у Бога, и Слово было Бог."
А Вы говорите: "В религии такого нет."
Или слово материально?
А что движет учёными, как не страсть познания, сиречь дух.

В библии Бог материален. В библии материальны все божьи ипостаси. Даже святой Дух носится над водой, а значит имеет собственный объем, передвигающийся в пространстве. А слово - это звуковая волна. Звуковые волны распространяются в веществе. Слово - это волнообразное, колебательное движение вещества.

Дух - это страсть познания? Но страсть познания не может быть без объекта изучения и познающего. Вы к духу относите человеческие страсти. Вы можете дать определение духу?

А так подойдет ?
Бог = Отец_и_Мать.
Бог - создатель множества вселенных.
Земля создана другим создателем, скажем, на парочку порядков ниже.
А выше Бога есть еще его Бог, и так далее.
Как впрочем и в сторону уменьшения в микрокосм. Потому что в каждом из нас тоже вселенная. Обитаемая. :)

В Библии чего только нет про Бога ... Говорит одно, делает другое... стоит только внимательно почитать...ужас

Логос, который церковные переводчики перевели как "слово", имеет множество смыслов, почитайте, как перевел это Л.Н. Толстой

Это уже было.
Произнесите слово не вслух, а мысленно и
найдите там звуковую волну и "колебательное движение вещества".
Ведь мы мыслим посредством
слова.

Это будет не слово, а мысль. Это разные вещи. Мысленно вы представляете слово, а не произносите его не вслух.

Мы мыслим посредством образов. Эти образы облекаются в слова и произносятся вслух, чтобы собеседник понял ваши мысленные образы. Слово - это инструмент общения.
В начале был инструмент общения, и инструмент общения был у Бога, и инструмент общения был Бог.

Толстой был на ножах с церквью. Он не может быть авторитетом для верующих. Верующие верят в слово и пытаются доказать, что слово стоит в начале начал. Они не понимают или не хотят понимать, что такое слово. Слово - это инструмент общения.
Есть очень простой метод определения правильного подбора слов. Надо в текст вставить синонимы и если смысл не изменится, то слово подобрано правильно. Бог - это не инструмент общения. Инструмент общения не может быть в начале начал. Значит слово подобрано не правильно. Неправильный перевод или глупость в оригинале. Но верующие в упор этого не видят.

Инструмент запугивания и порабощения.
А после публикации линка на перевод 4х Евангелий Толстого страничка исчезла. Или сбой, или цензура его почикала.
Толстой еще неплохую легенду написал "О разрушении ада и восстановлении его", где показывает что такое есть церковь. Рекомендую прочитать. :)
А верующие верят в то, что им скажут их авторитеты. Стоит перестать верить авторитетам, а начать их проверять - все. Верующий постепенно разбирается и становится бывшим верующим, если хватит желания разобраться. :)

Если Вы знаете что не может быть в начале начал, то может быть знаете что было в начале начал?

Не переводите стрелки, а признайте, что слово в начале быть не могло. Потому что слово - это инструмент общения. Чтобы был нужен этот инструмент нужны сначала собеседники. Как минимум двое. Еще слово требует воздуха, чтобы быть произнесенным и услышанным. Два собеседника в воздушном пространстве - это минимальный набор до слова. Началом слово не может быть. Элементарно, Ватсон.
А зачем вы выдумываете, что дух первичен? Этого нет в религии, этого нет в науке, а у вас есть. Вы не понимаете науку и не понимаете религию?

Теперь произнесите эту фразу не вслух, а мысленно, просебя.
Где тут воздух? А теперь напишите эту фразу и прочтите её не вслух,
а просебя или дайте прочесть другому. Где тут при письме и чтении просебя сотрясение воздухов?
Я Вам это уже пояснял. Теперь пишите, пишите без сотрясения воздуха:
В начале было..... Подставьте нужное слово.

А если предположить что религия (христианство в частности) является иносказательной формой философских убеждений жителей ближнего востока? Не как отображение действительности через мифологию диких племен Израиля, а как обучение жизненному укладу потомков. Безоговорочное подчинение власть имеющим ради сохранения порядка на вмененной территории (ветхий завет), и сохранение в себе положительных человеческих качеств для процветания новой государственной системы (новый завет). Быть может Вы ищете не то, что нужно Вам? Но что Вам собственно нужно? Люди, которые верят в то что написано в Библии буквально, не являются идеалом для подражания рационально мыслящему человеку, но и переубедить их в собственной неправоте практически не возможно. Так же как и им Вас. Каждый останется при своём, и Вы, идущий на острие научного прогресса, и они, жаждущие подтверждений мифов древних пустынников в окружающей действительности.
P.S. Отдельно хотелось бы отметить, что рассматриваемая Вами религиозная концепция основана на русских переводах греческих текстов, которые, в свою очередь, были некогда переведены с арамейского ну и т.д. Не мне Вам говорить о том, насколько перевод бывает "точен" и "казист", особенно если это перевод заинтересованными лицами.