Как можно сформулировать просьбу к АБХ о примечании на карточке для супруги получателя DA-EU, которая также подаёт антраг на DA-EU

Никак. Членам семьи обладателя "продвинутой" DA-EU, у которых на руках семейный ВНЖ, никакие примечания в него не вносятся. Также никакие примечания не вносятся в DA-EU члена семьи обладателя "продвинутого" DA-EU, но на них при этом тоже распространяется 24-месячный период отсутствия, хотя в немецком национальном законодательстве речь идёт только о членах семьи с семейными ВНЖ, но Art. 16(4) директивы 2009/50 не содержит таких условий, там речь идёт как раз об описанном Вами случае:

(4) Abweichend von Artikel 9 Absatz 1 Buchstabe c der Richtlinie 2003/109/EG dehnen die Mitgliedstaaten die Zeiten, in denen ein Inhaber eines Aufenthaltstitels für die langfristige Aufenthaltsberechtigung in der EG mit der in Artikel 17 Absatz 2 dieser Richtlinie genannten Bemerkung und seine Familienangehörigen, denen die Rechtsstellung langfristig Aufenthaltsberechtigter in der EG gewährt wurde, das Recht haben, sich nicht in der Gemeinschaft aufzuhalten, auf 24 aufeinander folgende Monate aus.