О хранении информации о пересечении внешне границы Шенгенской зоны обладателями ВНЖ там конкретно ничего не сказано

Почему, четко написано, что и длительно проживающих система касается

The EES will apply to all third-country nationals traveling to the Schengen Area under all types of purposes, for both short-term and long-term stays

И соответственно

Assist in the identification of third-country nationals who do not or no longer fulfil the conditions for entry.

Единственное, в чем можно сомневаться, так это в том, что по каждому из типов ВНЖ стран ЕС будут автоматически вычисляться условия их инвалидации. Но что данные о перемещении владельцев ВНЖ будут сохраняться - это сомнению не подлежит, потому что без этих данных невозможно правильно вычислять допустимые сроки пребывания. Соответственно и абх смогут получать эти данные без больших усилий.

И вообще я бы сказал, что раз будет внедрен быстрый и простой доступ к информации о вьезде-выезде - появления автоматических процессов проверки выполнения предпосылок сохранения ВНЖ - просто вопрос времени. Возможно, это даже и хорошо, поскольку уменьшает фактор некомпетентности и субьективности при рассмотрении дел.