определяет в статье 11 граждан третьих стран, кому систематически проставляется печать

У вас в цитате есть "в частности", т.е. список документов не исчерпывающий.

Потому резидентов ЕС весьма спорно считать гражданами третьих стран, которые не подлежат обязанности иметь визу в контексте норм кодекса.

А кем их еще считать? Смотрите например ст. 6 пар. 1 (b), ст. 8 пар 3 (a) (i) и т.д. -- там идет речь про граждан третьих стран, имеющих ВНЖ.

Кроме того статья 11 в Кодексе 2016 года просто повторяет статью 10 в старом 2006. Таким образом утверждение, что 3 года назад было изменение порядка не соответствует реалиям.

Для Кодекса 2006 года был отчет Еврокомиссии, а для Кодекса 2016 года, его, судя по всему, нет. https://eur-lex.europa.eu/LexUriServ/LexUriServ.do?uri=COM...

Infragestellen der Notwendigkeit, die Reisedokumente von Drittstaatsangehörigen abzustempeln, die im Besitz eines gültigen von einem Schengen-Mitgliedstaat ausgestellten Aufenthaltstitels sind

Die Kommission ist der Auffassung, dass Reisedokumente von Drittstaatsangehörigen, die im Besitz eines gültigen von einem Schengen-Mitgliedstaat ausgestellten Aufenthaltstitels sind, nicht abgestempelt werden sollten.