по шенгену им работать запрещено.
Нелегалы, что с них взять

Всё 100% легально, они трудоустроены в российской компании и в России проводят 183 дня в году, становясь/являясь тем самым там налогоплательщиками. В Германию они приезжают для выполнения работ на месте у заказчика, т.е. работниками его они не являются.

Сравните, скажем, с Россией: компания из России покупает оборудование немецкое, скажем, производственную линию на завод - само оборудование отправляется логистической компанией, а по прибытию на место направляются из Германии сервисные инженеры для проведения пусконаладочных работ. Если речь идёт о заводе, то подобное запросто занимает месяцы.

А в случае ИТ эта схема работает следующим образом: посредническая ИТ-компания в Германии заключает берёт крупный заказ у немецкой компании, для чего в свою очередь на какие-то работы контрактует какую-то российскую ИТ-фирму. В области ИТ достаточно распространена удаленная работа, поэтому 100% быть на месте сотруднику не нужно. Однако, в начале проекта пару-тройку недель, на промежуточных стадиях столько же, и в конце проекта ещё пару-тройку недель всё же надо быть на месте. Вот ребята и ездят.

Технически всё решается очень просто: по цене лучше нанимать программистов российских не в Москве и Питере, а в регионах - в Калининграде, скажем. Дорога из российского Калининграда в Берлин - всего 600 км, несколько часов езды авто. Компания снимает в Берлине квартиры большие, по 5 комнат там, и пускает минивэны раз в 2-3 недели для своих сотрудников: одну вахту забирают, другую привозят. Таким образом и жильё в Берлине используется на 100%, и цена на транспортировку (600 км в машине впятером) получается копеечная. И по факту - на этом примере - 10 человек работают в Германии абсолютно официально, но без всяких там ВНЖ и огромных немецких налогов (они оформлены сотрудниками российской компании, выполняющими в Германии необходимые по контракту сервисные работы, что полностью соответствует целям деловых виз - что шенгенской, что национальной - потому и получают их они из года в год без проблем). В данном случае, в Германии они - entsandte Mitarbeiter одной заграничной компании, которая в свою очередь является Dienstleistungserbringer по отношению к немецкой посреднической ИТ-компании. К заказчику же конкретно, у кого они работают на проекте, никакого отношения юридически они не имеют. Нормальной такой русский бизнес.