В чем их кардинальное отличие?

В отсутствии у их обладателей гражданства одного из государств ЕС.

С паспортом негражданина Эстонии можно приехать учиться и остаться без визы, как это можно с ВНЖ другой страны Шенгенской зоны?

Нет. Нужно оформлять разрешение на пребывание в Германии как обычному иностранцу. С ВНЖ другой страны Шенгенской зоны также нельзя приехать и остаться, максимум - пребывать до 90 дней в Германии.

Вы не знаете, паспорт негражданина Эстонии приравнивается к ВНЖ?

Думаю, что нет. В § 39 AufenthV речи идет именно об Aufenthaltstitel.

Вы меня простите, но его нет как у неграждан Эстонии, так и обладателей ВНЖ, иначе бы ВНЖ последним был не нужен.

Верно. Именно поэтому и первым, и вторым для пребывания в Германии необходим ВНЖ.

Это само собой разумеется, речь была о въезде в Германию без национальной визы.

Насколько мне известно, пребывание неграждан Эстонии/Латвии в Германии до 90 дней без визы толерируется, хотя с точки зрения закона, наверное, им даже для краткосрочного пребывания нужна была бы виза.

Речь в ветке идет совершенно о другом.

Речь в ветке шла о другом до тех пор, пока Вы не ввели в неё вопрос неграждан Эстонии, после чего я ответил уже на Ваш вопрос.

Сегодня наконец попала в "новое" (для меня) АБХ для студентов и практикантов в Берлине. Теперь можно ждать внутри, а не на улице! Даже если официальные часы работы не начались, с 6 здание уже открыто.

За французский ВНЖ ничего не сказали. Только отказали пока в выдаче, потому что у меня Giro, а не Sperrkonto. Странно, почему так ужесточилось. В 2012 у меня был Giro. Въехала я тогда по Studienbewerbervisum (27.0812 - 24.11.12) 16 сентября. Приехала, прописалась, открыла банк и страховку. Girokonto. Когда подошло время подавать на Aufenthaltserlaubnis денег уже было чуть больше 5 тысяч на счету (а не 8к). Студенческий визовый центр при университете принял все мои документы и через несколько недель я получила свой паспорт назад с ВНЖ на 3 года.

Теперь в 2018 мне говорит Бератер, что это наверно была ошибка. Не может быть, чтобы без Sperrkonto мне при Ersterteilung выдали Erlaubnis. Студенческий визовый центр в новом (ТУ) универе не хочет иметь со мной дела без Sperr тоже. Если документы будут подаваться через них, то это погоды не поменяет. Обидно.