Я не гражданин Германии, женат на немке. Она учится в одном месте Германии, а я хочу поступать учиться в другое. Получается, что жить в одной квартире мы не сможем. Какие меры необходимо предпринять, чтобы раздельное проживание не вызвало подозрений? Я так понимаю - раздельное проживание это все-таки что-то другое нежели физически раздельное проживание супругов по обстоятельствам учебы либо работы?

Вы понимаете правильно.

Просто я слышал историю с похожим сценарием, там пару после переезда одного из партнеров в другой город учиться вызвали чуть ли не в суд. Вот я и думаю - какие-то действия перед переездом нужно предпринять или нет?

нет. главное, чтобы Hauptwohnung у Вас с женой была общая.

А если она переедет в WG? Может одна комната считаться Hauptwohnung? Платить за две жилплощади у меня возможности не будет. И где я должен быть зарегистрирован?