Подскажите пожалуйста, идет ли в зачет времени получения гражданства отсутствие в Германии в связи с работой, согласованное с абх?
получил разрешение на отсутствие на 2 года, зачтутся ли они в время через которое можно получать гражданство?

нет

откуда это следует?

Из STAGa: http://bundesrecht.juris.de/rustag/BJNR005830913.html
╖ 12b
(1) 1Der gewoehnliche Aufenthalt im Inland wird durch Aufenthalte bis zu sechs Monaten im Ausland nicht unterbrochen. Bei laengeren Auslandsaufenthalten besteht er fort, wenn der Auslaender innerhalb der von der Auslaenderbehoerde bestimmten Frist wieder eingereist ist. Gleiches gilt, wenn die Frist lediglich wegen Erfuellung der gesetzlichen Wehrpflicht im Herkunftsstaat ueberschritten wird und der Auslaender innerhalb von drei Monaten nach der Entlassung aus dem Wehr- oder Ersatzdienst wieder einreist.
(2) Hat der Auslaender sich aus einem seiner Natur nach nicht voruebergehenden Grund laenger als sechs Monate im Ausland aufgehalten, kann die fruehere Aufenthaltszeit im Inland bis zu fünf Jahren auf die für die Einbuergerung erforderliche Aufenthaltsdauer angerechnet werden.
(3) Unterbrechungen der Rechtmaeßigkeit des Aufenthalts bleiben außer Betracht, wenn sie darauf beruhen, dass der Auslaender nicht rechtzeitig die erstmals erforderliche Erteilung oder die Verlaengerung des Aufenthaltstitels beantragt hat.

Pyligrim, спасибо!
но не понял, откуда следует, что нет?

А не подтверждала ответ "нет", а только дала вам ответ на ваш вопрос соответствующий параграф закона, выводы сделайте сами.

Выяснили этот вопрос непосредственно у человека принимающего документы на гражданство - в случае отсутствия с согласия абх срок не прерывается, т.е. эти годы засчитываются

Как и сказано в законе.