Подскажите, если гражданин Германии будет жить в Чехии более 180 дней в году, он потеряем налоговое резиденство Германии? и каким образом 180 дней эти могут считаться? ведь нет границы по сути

Читаем закон:

https://www.bundesfinanzministerium.de/Content/DE/Standard...

Во первых речь идёт о минимум 183 дней пребывания.

Во вторых не известно, в каком статусе вы находитесь в Чехии.

Обратим внимание на Artikel 4 и на Artikel 15.

Скорее всего, вы "чешский налогоплательщик".

если гражданин Германии будет жить в Чехии более 180 дней в году

именно если жить, со всеми вытекающими. А не просто выехал-приехал